本研究通过系统分析不可切除的局部晚期ESCC患者的临床病理特征和基因分子特征，探索可能影响ESCC患者放化疗疗效及毒副作用的生物标志物，结果提示HRR通路基因突变和APOBEC突变Signature可能与放疗疗效相关。

根治性放化疗是不可切除的局晚期食管鳞癌（ESCC）的主要治疗方法，可以显著改善局晚期ESCC的局部控制率和总生存率，但放化疗的敏感性和毒副作用具有个体差异，如何有效筛选治疗有效的患者对于临床方案的制定具有重要的意义。

本研究共纳入183例Ⅱ~Ⅲ期食管鳞癌行根治性放化疗治疗的患者，收集患者病理确诊时的石蜡肿瘤组织样本进行世和基因放疗大Panel瑞递康^®高通量测序，分析患者临床病理特征、肿瘤特有突变和Mutation Signatures以及基因信号通路变异，探究可能影响放化疗毒副作用及复发的因素。

结果显示，食管鳞癌患者常见基因变异包括TP53、CDKN2A、CCND1等，与既往ESCC研究数据吻合，见图1。

放化疗复发风险分析发现，临床病理因素如分期、放化疗方案等可能影响局晚期ESCC患者放化疗治疗PFS，与既往研究报道吻合。此外，基因特征因素如CDKN1C等基因突变的患者PFS显著更短（p<0.05），见图2。进一步对基因信号通路进行分析，发现HRR信号通路基因突变的患者PFS显著更短（p<0.05），APOBEC signature占比较HRR通路基因野生型更高（p<0.05）。APOBEC signature主要是C>T/G突变特征，可能与APOBEC酶活性有关。APOPEC家族的胞苷脱氨酶是一种免疫系统酶类，有研究发现它可能是诱导癌症基因组DNA突变的主要因素之一，可能导致肿瘤异质性的增加，从而加快疾病发展和对治疗的抵抗^[1~3]。有趣的是，我们还发现高APOBEC signature的局晚期ESCC患者其放化疗PFS/OS也有更差的趋势。将HRR信号通路基因突变联合APOBEC signature可对局晚期根治性放化疗ESCC患者PFS和OS进行分层，并且在外部独立验证组中得到验证（Y. Song et al., Nature 509, 91-95 (2014)）。

放化疗毒性发生风险分析发现，部分基因肿瘤特有突变也可能影响放射性食管炎发生风险，如MAP2K4、KMT2A等基因突变在高级别放射性食管炎中显著富集（p<0.05）。

本研究探索了与非小细胞肺癌（NSCLC）患者放化疗的疗效和毒副作用相关的生物标志物，研究显示MAP2K4、XRCC3、KMT2A、CHEK2和HRR通路基因突变可能与放疗副作用相关。

根治性放化疗是治疗不可切除Ⅲ期非小细胞肺癌（NSCLC）的主要手段，然而其临床疗效存在个体差异，因此探寻潜在影响NSCLC患者放化疗疗效及毒副作用的生物标志物至关重要。

本研究纳入了122例进行根治性放化疗的Ⅲ期不可切除的非小细胞肺癌患者，主要以肺鳞癌为主，占69%。所有患者治疗前活检组织样本采用世和基因放疗大Panel瑞递康^®进行高通量测序。基因突变分析显示KEAP1-NRF2信号通路基因突变与非小细胞肺癌患者的不良预后有关。另外，本研究新发现FGFR1-3、MET、PTEN等基因突变是影响患者CRT疗效的潜在危险因素。在放化疗毒副作用方面，研究发现与DNA修复相关的XRCC5（rs3835）和XRCC1（rs25487）多态性分别与高级别放射性食管炎和高级别放射性肺炎的发生相关。MTHFR（rs1801133）和NQO1（rs1800566）多态性可能会增加非小细胞肺癌患者CRT后发生高级别放射性肺炎发生风险。此外，ZNF217和POLD1基因肿瘤特有突变也可能是放射性炎症发生风险的预测标志物。